El Border Collie suele destetarse a los 30-45 días de nacer, ya que la mayoría de las perras no pueden mantener la lactancia hasta los 2 meses, por lo que durante este tiempo los propietarios deberán alimentar a sus cachorros con comida húmeda para perros, eligiendo comida para cachorros siempre que sea posible, y ablandando la comida con agua caliente o leche de cabra. Con casi dos meses de edad, el perro estará totalmente destetado y habrá que reducir gradualmente la cantidad de agua en la comida. No es hasta los 3-4 meses de edad, cuando el cachorro de Border Collie empieza a cambiar los dientes, cuando es el momento de cambiar a la comida seca para perros, con mucha masticación para ayudar a que los dientes del perro se desarrollen. Después del destete, el intestino del Border Collie no está completamente desarrollado y los dientes de leche aún no están en su sitio, por lo que es probable que la comida seca para perros provoque problemas gastrointestinales en el cachorro, que pueden causar diarrea o vómitos en casos graves, lo que puede ser muy peligroso para el cachorro, por lo que se necesita una comida húmeda más delicada, suave y fácil de digerir. Esperar hasta los tres o cuatro meses para que los dientes cambien antes de empezar con la comida seca para perros también puede aliviar los síntomas de picor y dolor en los dientes, pero el momento del cambio también debe adaptarse, sobre todo en el caso de aquellos cachorros con malas condiciones gastrointestinales, para poder retrasar adecuadamente la alimentación con comida seca para perros.
