Cuando un samoyedo ha comido, los restos de comida se quedan entre los dientes, lo que provoca un cierto olor en la boca. Si los residuos no se limpian a lo largo del tiempo, el perro es propenso a padecer enfermedades periodontales, que liberan sustancias que contienen azufre, la fuente del olor. Cuando el Samoyedo se queda en casa durante mucho tiempo, es incapaz de expulsar el exceso de líquido de las glándulas anales debido a la falta de ejercicio y a la reducción de la fuerza muscular en las patas, lo que hace que las glándulas anales se acumulen y provoquen obstrucciones e hinchazón. El resultado es un olor desagradable. Los samoyedos que son propensos a los ácaros o a la inflamación de los oídos y que tienen picores también pueden producir un olor desagradable. Se puede utilizar un limpiador de oídos a diario para limpiar la cera del oído del samoyedo y reducir el olor. Otra fuente de olor corporal son los gases estomacales, como la indigestión y la desarmonía de bazo y estómago, que pueden provocar mal aliento en el Samoyedo.
