El microvirus se dirige principalmente al sistema gastrointestinal y puede ser muy perjudicial, ya que suele desarrollarse a la semana de la infección. El SCT provoca pérdida de apetito en los perros, acompañada de vómitos, diarrea, sobre todo en forma de chorros o sangre en las heces, deshidratación en los casos graves y, finalmente, shock, con una alta tasa de mortalidad en los cachorros. Los perros adultos tienen una incidencia muy baja y no suelen mostrar ningún síntoma evidente, sólo un cierto olor a pescado en las heces y una pérdida de apetito, que no requiere tratamiento si no es grave. Los perros infectados por microvirus pueden clasificarse clínicamente en enteritis y miocarditis. La principal manifestación de la enteritis es la fiebre, que puede alcanzar una temperatura de 40°C o más. El tipo de miocarditis puede desarrollar repentinamente dificultad respiratoria e insuficiencia cardíaca.
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